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Le dernier clone de Ba'al a été capturé. Les membres de SG-1 rejoignent le général O'Neill pour assister à l'extraction du symbiote, mais la cérémonie tourne mal, et tout le monde se met à disparaître. Carter, Mitchell et Jackson se rendent à la Porte des étoiles mais, avant d'avoir pu la franchir, ils se retrouvent dans un bateau perdu dans l'Arctique. Ba'al a réussi à remonter le temps pour modifier le passé : ni le programme Stargate, ni la Porte des étoiles n'ont jamais existé. Carter, Mitchell et Jackson sont recueillis par des militaires américains, dont Jack O'Neill, qui les prennent pour des fous, les isolent les uns des autres et les tiennent au secret. Un an plus tard, une flotte de vaisseaux Goa'uld envahit l'espace...