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En 2029, dans un futur cyberpunk dystopique, le major Motoko Kusanagi et Batou, deux cyborgs membres d'une unité spéciale anti-terroriste du gouvernement de New Port City, traquent un mystérieux pirate informatique connu sous le nom de Puppet Master. Leur enquête les conduit au cœur d'une guerre entre services, car la section 6 cherche elle aussi à s'emparer de ce pirate dans le cadre du mystérieux Projet 2501. Alors que les deux unités s'affrontent, Motoko et Batou découvrent peu à peu que cette affaire dépasse largement une simple traque informatique. Adapté du manga éponyme de Masamune Shirow, ce film mêle science-fiction, action et réflexion sur l'identité et la frontière entre l'humain et la machine.